A projekt célja a mikrobiom metagenomikai és metaproteomikai vizsgálata takarmányozás hatására gazdasági haszonállatoknál. A zöldség-, és gyümölcsfeldolgozó ipar nagy mennyiségű mellékterméket, úgynevezett passzírmaradványt termel, amelyek feldolgozása nagyrészt megoldatlan. Ezek az élelmiszeripari melléktermékek nagy mennyiségű, igen értékes bioaktív komponenseket (karotinoidok, antociánok, flavonoidok, likopin, stb.) tartalmaznak, melyeknek jótékony élettani (immunrendszert erősítő, antioxidáns, antibakteriális, anti allergén, rákellenes, stb.) hatása van, s amelyek egy részét az állati szervezet nem képes előállítani, tehát a táplálékkal együtt kell felvegyék. Ugyancsak gazdagok ezek a passzírmaradványok a prebiotikus hatású frukto-, és galakto-oligoszaharidokban, melyek a vastagbél mikrobiális flórájának kialakításában fontosak.
A projekt célja annak vizsgálata modern genetikai (új-generációs szekvenáláson alapuló metagenom vizsgálat, amely képes a vizsgált állatcsoportok béltraktusában élő összes mikroorganizmus azonosítására és relatív mennyiségük meghatározására), és proteomikai (multidimenzionális fehérje azonosítás kétdimenziós HPLC-t követő tandem tömegspektrometriai vizsgálattal, amely a mikroorganizmusok fehérjéinek azonosításán keresztül azok metabolikus aktivitására utal) módszerekkel, hogy a különböző takarmány-kiegészítők hogyan hatnak a bélflóra összetételére, illetve az állatok egészségi állapotára és gyarapodására. Vizsgáljuk továbbá azt is, hogy a bélflóra mikroorganizmusainak antibiotikum rezisztencia profilja hogyan változik ezeknek a takarmány-kiegészítőknek a hatására.
